Vreta klosterkyrka är daterad till början av 1100-talet som en stormanskyrka för den Stenkilska ätten. Kyrkan kom att bli klosterkyrka då Kung Inge (d.ä.) och drottning Helena donerade mark i området till ett kloster. Det kan ha varit ett benedektinerkloster. Senare kom godsområdet att tillhöra den Sverkerska ätten och Karl Sverkersson nyinvigde 1162 klostret för cistercienserna.
De ruiner vi ser idag är i huvudsak resterna av detta cistercienserkloster, men det finns tydliga lämningar kvar från tiden före cistercienserklostret. Detta gäller särskilt vid östra längan, där det invid den gamla kyrkogårdsmuren finns en dubbeltrappa ned till en kalkstensinklädd vattenränna. Anläggningen har tolkats tillhöra ett baptisterium, något fullständigt unikt för Norden.
Ruinerna grävdes fram, undersöktes och restaurerades 1916-26. Senaste större restaurering genomfördes 2002-2007, även vid denna restaurering genomfördes arkeologiska undersökningar och då särskilt av baptisteriet, vilket därefter har fått ett skydd av glas.
